在股东协议中，股东往往自行创设权利义务，以达到排除、取代、补充《公司法》、公司章程规定之目的，且有喧宾夺主之势。公司章程作为公司的宪章，在公司运行、公司治理中的地位不可动摇。但在我国很多封闭型公司中，各类股东协议的盛行对公司章程的确产生了侵蚀效应，不能不引起警惕。前文已讨论了股东协议与股东会决议的关系，此处进一步厘清股东协议与公司章程的关系，意义重大。

一、股东协议与公司章程的联系

股东协议与公司章程都是公司治理的工具，且二者在内容上会有重叠。

公司章程的内容既有强制性，例如绝对必要记载事项以及相对必要记载事项，也有任意性，如任意记载事项。在公司内部，公司章程的制定与修改都要遵循某种程式，在公司外部，其内容也具有一定的要式性，在公司设立时，公司章程需要提交商事登记机关审查、备案，如有修改，也要及时变更。

股东协议的内容是签约股东自由协商的结果，完全遵循意思自治规则，不仅无须公示，制定及变更也更加灵活。因此，股东可以将部分公司治理事项以股东协议的形式确定下来，作为章程的有效补充。

二、股东协议与公司章程的区别

股东协议与公司章程在公司治理中扮演着不同的角色，二者的主要区别在于：

1、参与人不同。股东协议可以由部分股东签署，也可以由全体股东签署。公司章程的制定及修改则可以由全体股东参与，至于是否参与，取决于股东自身行权的意愿。

2、约束事项不同。股东协议处理的事项都是签约股东间的权利义务。公司章程作为公司宪章，处理的则是公司组织运行与治理的基本事务，其中也会涉及公司股东之间的某些权利义务关系，二者的内容既有交叉也有不同。

3、效力范围不同。股东协议遵循合同相对性规则，仅约束签约股东。唯有全体股东签署的股东协议，在《公司法》明文允可的情形下，才可能具有组织法效力，也即可以约束公司本身。而公司章程则首先约束公司，也同时约束全体股东、董监高。

4、意思形成机制不同。无论是全体股东参与的股东协议还是部分股东参与的股东协议，都遵循合意，也即一致同意规则。而公司章程的制定、修订遵循资本民主原则，尽管并不排斥合意，但大多数情况下并不要求合意。

三、股东协议与公司章程内容冲突的处理

(一)股东协议对公司章程的细化与补充

典型案例。最高人民法院在北京某投资集团有限公司诉曹某等公司利益纠纷再审案[(2017)最高法民再172号]中认为，案涉《增资扩股协议书》关于“在不违背章程的前提下具有最高效力、公司及全体股东是协议主体、章定记载事项构成协议的一部分”等约款，表明该协议书的性质是公司对公司章程规定的具体解释，虽冠以协议之名，但违反该协议书形同违反公司章程，故构成决议的撤销事由。本案确立的裁判要旨为，全体股东协议乃公司章程的解释文本，违反协议视同违反公司章程。

(二)股东协议与公司章程内容不一致的处理

部分股东协议与公司章程内容不一致的情形较为清晰，毕竟前者难以具备组织法效力，此处仅讨论全体股东协议与公司章程内容冲突的处理。

基本原则是区分内部事务与外部事务。如涉及公司内部事务，则依据股东最后的真实意思作出处理。比如，针对分红问题，公司章程与全体股东协议约定不同的，可以进一步考察股东协议与公司章程的制定时间，在后的意思表示如可视为对在前意思表示的变更或补充，可从之；否则，仍需裁判者审慎处置，一个基本原则仍然要坚持股东协议不具有组织法效力。

如涉及公司外部事务处理，则应当以公司章程的规定为准。这是由公司章程的有限公示性决定的。比如，股东协议与公司章程就对外担保问题作了不同的规定，当第三人要求公司承担担保责任时，就应以公司章程的规定为准，若公司或股东以股东协议的内容进行抗辩，该抗辩不被支持。

当然，治理规范的公司，当尽量避免二者的内容冲突。如有新的形势发展，应尽可能修改公司章程。如出于程序原因来不及修改而先订立全体股东协议，后续公司章程当尽快吸收股东协议的内容，并及时作公司章程的变更备案手续，以尽量减少股东协议与公司章程的内容冲突。